Ketika Herakles sedang disembuhkan, dia langsung dibawa ke Phlegra, di Thrakia (beberapa mengatakan di Sisilia), tempat para dewa sedang berperang melawan para Raksasa, yang terlahir dari darah Uranus yang jatuh ke bumi. Untuk mengalahkan para Raksasan, para dewa, sesuai nasehat orakel, harus meminta bantuan pada seorang pahlawan manusia.
Herakles membunuh Alkioneus dengan panahnya yang mematikan, sebelum kemudian menyeretnya keluar dari daerah Pallene. Herakles dan Apollo masing-masing memanah satu mata Raksasa Efialtes. Athena membunuh Pallas dan mengulitinya. Athena lalu menggunakan kulit Pallas sebagai perisai. Athena juga membunuh Enkelados, yang kabur ke barat. Dia menghantam Enkelados dengan cara melemparkan pulau Sisilia padanya. Poseidon melakukan hal yang sama pada Polibotes, menghantam sang raksasa dengan pulau Nysiros. Dengan bantuan Zeus, Herakles bahkan membunuh Porfirion, yang mencoba memperkosa Hera.
Setelah melaksanakan dua belas tugas dan membantu para dewa melawan para Raksasa, Herakles pun diakui kehebatannya oleh para dewa Olimpus.
