Kekhanan Bukhara (atau Bukhoro) merupakan satu negara Uzbek di Asia Tengah yang eksis pada tahun 1501 sampai 1785, didirikan oleh dinasti Abu'l-Khayriyah, cabang dari dinasi Shaybaniyah. Dari tahun 1533 sampai 1540, kota Bukhara sempat menjadi ibukotanya selama masa pemerintahan Ubaydallah Khan. Kekhanan Bukhara mencapai puncak kejayaannya di bawah pemerintahan Abdullah Khan II (berkuasa 1557–1598). Pada abad ke-17 dan 18, Kekhanan Bukhara dipimpin oleh dinasti Jahiyah (Astrakhaniyah atau Timuriyah Toqay). Mereka merupakan keturunan terakhir Jenghis Khan yang memimpin Bukhara. Pada tahun 1740, Kekhanan Bukhara ditaklukan oleh Nader Syah, yang merupakan Syah Iran. Setelah kematiannya pada 1747, Kekhanan Bukhara dikuasai oleh keturunan non-jengis Khan dari amir Uzbek Khudayar Bi, melalui posisi perdana menteri ataliq. Pada 1785, keturunannya, Syah Murad, menetapkan kekuasaan dinasti keluarganya (Manghit), dan Kekhanan Bukhara berubah menjadi Keamiran Bukhara. Karena butkan keturunan Jenghis Khan, para pemimpin dinasti Manghit memakai gelar Amir alih-alih Khan.
Imam Quli Khan, penguasa Kekhanan Bukhara pada tahun 1611 sampao1642.
